《口袋妖怪红宝石》的故事设定在与前作关都地方和城都地方有一定距离的丰缘地方。设计基于日本的九州岛和九州地方，然而相比其原型旋转了90°，因为增田顺一感到此举会带来更好的游戏平衡。该地区包含了九座城市、六座城镇和多个景点，彼此之间以道路互相连接。増田顺一声明地名来自汉字“豊縁”，意为丰缘地方是个有“丰富缘分”的场所，表示人与神奇宝贝关系的主题。
与口袋妖怪主线系列的其他作品一样，本作是一款线性游戏，主要的剧情按照固定的顺序发生，游戏的主角是一名刚搬到未白镇的小孩，他的父亲是邻近的橙华市的道馆训练家。游戏开始时，主角可从小田卷博士处选择木守宫、火稚鸡或水跃鱼作为初学者神奇宝贝，博士的孩子(性别设定与主角不同)也是一名神奇宝贝训练家，与主角亦敌亦友，在剧情中也会与主角进行若干次战斗。游戏的两个主要目标分别为打败八个道馆的馆主，进而击败四大天王成为新的冠军，以及捕捉到全部386种神奇宝贝完成神奇宝贝图鉴。
Chapter 1——冒险之伊始。
Chapter 2——不安的预兆。
Chapter 3——海岸线上的繁华景观。
Chapter 4——山野中的蠢动。
Chapter 5——踏破铁鞋无觅处。
Chapter 6——草丛中的隐藏者。
Chapter 7——火山，终于要爆发了。
Chapter 8——大危机，突然反常的天气。
Chapter 9——胜利的曙光。
Chapter 10——冒险，仍在继续着。
1、诅咒：损失自己1/2HP,然后每回合结束时对方损失1/4HP,但对方换下这只pm时就会自动解除。
2、寄生种子：每回合结束时会损失对方1/8HP来浦补充自己的HP,但对方换下这只pm时就会自动解除。
3、吸血：同上。
4、噩梦：当对方处于睡眠状态时，每回合损失对方1/4HP。
5、灭绝歌：从攻击开始倒数3回合，当倒数为0时，双方pm的HP均为0,但对方换下这只pm时就会自动解除(隔音特性不首次影响)。
6、鼓掌：3-6回合都只能使用同一绝招(不论PP有多少)，但对方换下这只pm时就会自动解除。
7、黑色目光/蜘蛛网/禁止通行：使对方无法换人。
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